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La diversité génétique désigne le degré de variétés des gènes au sein d'une même espèce, correspondant au nombre total de caractéristiques génétiques dans la constitution génétique de l'espèce (voire de la sous-espèce). Elle décrit le niveau de la diversité intraspécifique. Elle se distingue de la variabilité génétique, qui mesure la variation des caractéristiques génétiques d'un individu, d'une population, d'une métapopulation, d'une espèce ou d'un groupe d'espèces.

C'est un des aspects majeurs de la biodiversité, sur la planète, comme au sein des écosystèmes et des populations.

Mesurer le degré d'interdépendance entre la « diversité génétique » et la « diversité biologique » est délicat notamment chez les plantes ou chez certains microorganismes ou animaux primitifs capables de naturellement se cloner⁵, mais ce travail commence à être fait, par exemple au sein d'espèces prairiales⁶.

La diversité génétique est celle des espèces sauvages, mais aussi celle des espèces cultivées (végétaux, champignons, levures) ou élevées (animaux) par l'Homme, et elle est également en forte régression, question qui préoccupe de nombreux prospectivistes et chercheurs ainsi en France que la Caisse des dépôts^7,8.